नेशनल इंस्टीट्यूट फॉर रिसर्च इन बैक्टीरियल इन्फेक्शन में इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी का प्रभाग 80 के
दशक की शुरुआत में फिलिप्स के अत्याधुनिक ट्रांसमिशन इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप के साथ शुरू हुआ था। एक जेईओएल जेईई-400 उच्च वैक्यूम वाष्पीकरणकर्ता और एक जेईओएल एचडीटी400 हाइड्रोफिलिक उपचार उपकरण भी स्थापित किया गया था। नई सहस्राब्दी की शुरुआत में, डिवीजन को क्रायोईएम प्रयोगशाला में अपग्रेड किया गया था। इस प्रयोजन के लिए, गैटन क्रायोस्टेज के साथ एक FEI Tecnai 12 बायोट्विन ट्रांसमिशन इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप, एक Leica EM CPC यूनिवर्सल क्रायो-वर्कस्टेशन, और FC6 क्रायो अटैचमेंट के साथ एक Leica Ultracut UCT अल्ट्रामाइक्रोटोम स्थापित किया गया था। प्रभाग के पास एक पर्यावरण स्कैनिंग इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप ईएसईएम (एफईआई क्वांटा 200) भी है।
इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप का उपयोग मुख्य रूप से अनुसंधान के लिए और कभी-कभी निदान के लिए किया जाता है। नियमित उपयोग में आने वाली तकनीकें बैक्टीरियोफेज अलगाव और लक्षण वर्णन, नकारात्मक-धुंधला विश्लेषण, अल्ट्रामाइक्रोटॉमी, क्रायो-इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी, त्रि-आयामी छवि पुनर्निर्माण और स्कैनिंग इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी हैं।
प्रयोगशाला ने कई परियोजनाएं पूरी कीं, जिनमें इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी का उपयोग करके एंटरिक फ़ेज के रूपात्मक लक्षण वर्णन, विब्रियो के आरएस1-किमी फ़ेज़ की फिलामेंटस प्रकृति की पुष्टि करना शामिल है। हैजा, विब्रियो फेज डीएनए के आंशिक विकृतीकरण मानचित्रों का निर्माण, और क्रायो-इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी और एकल-कण विश्लेषण विधियों का उपयोग करके एंटिक फेज की त्रि-आयामी संरचना का निर्धारण करना। एक साल्मोनेला फेज को अलग किया गया और उसकी विशेषता बताई गई, जिसका उपयोग भोजन के नमूनों में 24 घंटे की बायोफिल्म का इलाज करने के लिए किया गया, और साल्मोनेला टाइफी को माउस यकृत और प्लीहा ऊतक पर आक्रमण करने से रोकने, पशु मॉडल में ऊतक सूजन को कम करने में प्रभावशीलता प्रदर्शित की गई।
प्रकाश माइक्रोस्कोपी द्वारा विभिन्न आंत्रीय रोगजनकों के कारण होने वाले हिस्टोपैथोलॉजिकल परिवर्तनों का अध्ययन किया गया है। स्कैनिंग और ट्रांसमिशन इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप का उपयोग करके सतह संरचनात्मक परिवर्तनों और गहन अल्ट्रा-संरचनात्मक परिवर्तनों का अध्ययन किया जा रहा है। अब तक अध्ययन किए गए कुछ महत्वपूर्ण आंत्र रोगजनकों में वी. हैजा, हेलिकोबैक्टर पाइलोरी, शिगेला और साल्मोनेला शामिल हैं।
प्रयोगशाला में कुछ सहयोगात्मक अनुसंधान भी किए गए। इस प्रभाग द्वारा इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी पर कई राष्ट्रीय कार्यशालाएँ भी बड़ी सफलता के साथ आयोजित की गईं।